С 1888 по 1892 год последовательно исключался из Киевского, Харьковского и Дерптского университетов за участие в подпольных кружках и студенческих волнениях.
В 1895 году выехал за границу: обучался в Берлинском университете, Сорбонне, Страсбургском университете — в 1898 году защитил диссертацию по философии «Общество и индивидуальность», которая была опубликована в следующем году в Берлине на немецком языке и получила высокую оценку немецких ученых.
В 1901—1902 годах занимался по юриспруденции в Гейдельбергском университете. Часто выезжал за границу для продолжения обучения и в дальнейшем.
Жил в Петербурге, Киеве, Москве. Публиковался в журналах, участвовал в создании «Союза освобождения». В начале XX века отошёл от марксизма.
С 1906 года — преподаватель государственного и административного права в Московском коммерческом институте, одновременно преподавал на Высших женских курсах.
В 1909 году в качестве магистра государственного права Богдан Кистяковский был принят приват-доцентом в Московский университет.
Поддержал протест профессуры против нарушения университетской автономии, отказался от преподавания в Москве. Перешёл в Ярославский Демидовский юридический лицей приват-доцентом, позднее профессором по кафедре энциклопедии и истории философии права (1911—1916).
С 1917 года — профессор Киевского университета.
В 1919 году был избран действительным членом только что созданной Украинской Академии наук и вместе с её первым президентом В.И. Вернадским совершил поездку в Ростов-на-Дону к А.И. Деникину с целью защиты интересов академии, во время которой заболел.
Перенёс операцию и умер 29 апреля 1920 года в Екатеринодаре.
Сыновья:

Георгий (Джорж) Богданович Кистяковский (1900—1982) — американский доктор физики и химии, один из руководителей Манхетенского проекта, советник Эйзенхауэра по науке;

Александр Богданович Кистяковский (1904—1983) — видный украинский биолог, ориентолог, доктор биологических наук, профессор.
Енциклопедiя Сучасної України
Википедия