В 1909 году окончил гимназию в Глухове, затем проучился два семестра в Берлинском университете и в 1910 году поступил в Киевский университет на историко-филологический факультет. Здесь сблизился с
Николаем Биляшивским и Дмитрием Дорошенко, посещал заседания «Старой громады», участвовал в революционных собраниях. С началом Первой мировой войны (1914) как неблагонадежный (да еще и немецкий подданный) был арестован и сослан в Сибирь, вернулся в Киев лишь в 1917 году.
Наибольшее влияние на формирование будущего ученого был профессор Г.Павлуцкий, который направил научный интерес Эрнста на исследование истории украинской архитектуры и искусства.
Фундаментальные труды «Киевские архитекторы XVIII в.» (1918), «Украинское искусство XVII—XVIII вв.» (1919) сделали имя Эрнста широко известным, и стали классическими в украинском искусствоведении.
С 1922 года Эрнст работал во Всероссийском историческом музее, впоследствии возглавляет его художественный отдел.
В 1920-х годах принимает участие в многочисленных экспедициях для поисков, исследования и сохранения памятников украинской архитектуры и искусства, проводит археологические раскопки, организовывает выставки, формирует музейные экспозиции.
Плодотворным был этот период работы и для научной деятельности ученого.
Почти каждый год выходят его научные работы: «Украинский портрет XVII—ХХ вв.» (1925), «Киевская архитектура XVII в.», «Киев и его окрестности...» (1926), «Украинская живопись XVII—ХХ вв.» (1929), «Киевский путеводитель» (1930) и др.
В начале 1930-х годов в Украине начались чистки кадров Наркомата образования, которые вылились в тотальный погром всей культурной жизни в республике. Все главные музеи Украины были объявлены «ячейкой расположения националистических сил». В 1933 году Эрнст был уволен из музея, арестован, а в следующем году — осужден и сослан. Во время непродолжительного освобождения ученый работал в музеях Алма-Аты и Уфы.
16 июля 1941 года Эрнст снова был арестован. 28 октября 1942 года его казнили. Посмертно реабилитирован.
Большинство научных работ Эрнста не утратила научной ценности. Он справедливо занимает место одного из основателей украинского искусствоведения.
Енциклопедiя Сучасної УкраїниВикипедия (укр.)Ф.Л. Эрнст «Путеводитель по Киеву» (1930, на укр. яз., просмотр djvu), скачать — aрхив .rar, 88 Мб)