Учился в гимназиях Острога и Киева.
В 1885 году поступил в Коллегии Павла Галагана в Киеве. После ее окончания (1889) хорошо овладел немецким, французским, польским, греческим, итальянским и турецким языками.
В 1892—1896 годах учился в Лазаревском институте восточных языков в Москве, а с 1896 года — на историко-филологическом факультете Московского университета.
В 1896—1998 гг. — находился в научной командировке в Сирии и Ливане.
В 1898—1918 гг. — преподавал арабский, персидский, турецкий и историю стран мусульманского Востока в Лазаревском институте восточных языков (с 1900 года — профессор).
С 1918 года — профессор Киевского университета (до 1941 года, с перерывами).
В 1918 году А. Крымский вместе с В. Вернадским, Н. Василенко и др. выступил одним из организаторов Украинской Академии наук, был ее непременным секретарем и председателем историко-филологического отдела (до 1929 года).

Марка Украины к 125-летию со дня рождения А. Е. Крымского (1996)

В 1921—1929 гг. — возглавлял Институт востоковедения в Киеве.
Как писатель Агатангел Крымский известен рядом поэтических произведений на восточные темы. Ему принадлежат также многочисленные художественные переводы Антара, Омара Хайяма, Саади, Хафиза, Михриева-Хитум, Фирдоуси и многих др., в том числе западноевропейских поэтов.
В 1930-е гг. он был практически отстранен от научно-преподавательской работы в академических учреждениях Украины.
20 июля 1941 года был арестован, обвинен в антисоветской националистической деятельности и заключен в Кустанае (ныне Казахстан), где он умер 25 января 1942 года в тюремной больнице.
Имя Агатангела Ефимовича Крымского присвоено Институту востоковедения НАН Украины, который восстановлен в 1991 году по инициативе его ученика, иностранного члена НАН Украины О.И. Прицака (США).
В 1971 году на фасаде здания бывшей Коллегии Павла Галагана по улице Богдана Хмельницкого, 9, где в 1885—1889 гг. учился А.Е. Крымский, была открыта мемориальная доска — гранит; архитектор И.Л. Шмульсон.



Енциклопедiя Сучасної України
Википедия
Сайт Iнститута мовознавства iм. О.О. Потебнi НАН України
Памяти Агафангела Ефимовича Крымского