В 1953 году Евгений Шнюков окончил Киевский университет.
В 1953—1969 гг. и 1977—1992 гг. работал в Институте геологических наук НАН Украины (в 1977—1992 гг. — директор), в 1969—1977 гг. — заведующий отделом Института геохимии и физики минералов НАН Украины.
С 1978 года — директор и с 1993 года — руководитель Отделения морской геологии и осадочного рудообразования Центрального научно-природоведческого музея НАН Украины, ныне Национальный научно-природоведческий музей НАН Украины
Научные исследования посвящены изучению железных руд криворожского типа, осадочных железных и марганцевых руд, морской геологии.
Разработал новую гидродинамическую гипотезу образования и размещения осадочных руд.
На основании его разработок и рекомендаций открыт и разведан новый тип керченских железорудных месторождений –—залежи в грязевулканических структурах.
Проводит комплексное изучение геологии, литологии и полезных ископаемых Азовского и Черного морей, а также Атлантического и Индийского океанов. Разработал методику геологосъемочных работ в Азовском море.
Совместно с другими учеными подготовил первую в СССР научную сводку по полезным ископаемым Мирового океана.
Автор ряда монографий, в т.ч. «Окислы железа Украинского щита» (в соавторстве, 1961), «Марганцево-железные руды Керченского бассейна» (1961), «Грязевые вулканы и рудообразование» (1971), «Геология Азовского моря» (в соавторстве, 1974).
Награжден орденами «Знак Почета» (1980), «За заслуги» III ст., медалями.
Википедия (укр.)
Сайт Национального научно-природоведческого музея НАН Украины