В 1909 году окончил Киевскую земскую фельдшерскую школу, после чего в течение двух лет работал в Киевском земстве.
Поступил и в 1917 году окончил медицинский факультет Киевского университета.
В 1919—1924 гг. — ординатор, помощник главного врача полевого госпиталя, начальник отделения госпиталя, в 1924—1926 гг. — одновременно старший ассистент урологической клиники.
В 1927—1933 гг. — доцент Киевского медицинского института.
С 1937 по 1941 год — научный руководитель Киевского института неотложной хирургии и переливания крови, одновременно в 1931—1941 гг. и 1943—1954 гг. — консультант и главный хирург Киевского Военного округа.
В 1941—1943 гг. — главный хирург Юго-Западного, Сталинградского, Донского фронтов.
С 1944 по 1955 год — заведующий кафедры общей, в 1955—1968 гг. — факультативной хирургии Киевского медицинского института.
В 1968—1975 гг. — профессор-консультант Киевского медицинского института.
Иван Ищенко постоянно и умело сочетал научно-педагогическую и лечебную работу с большой общественной деятельностью. Он был председателем правления Украинского общества хирургов, членом правления Всесоюзного общества хирургов, председателем Киевского городского и областного общества хирургов, председателем хирургической комиссии и членом президиума Ученого совета Министерства здравоохранения Украинской ССР, членом Всесоюзного комитета по переливанию крови. Избирался председателем с VIII по XI съезд хирургов Украины.
В течение многих лет работал в редколлегии журнала «Клиническая хирургия», являясь заместителем ответственного редактора.
Награжден двумя орденами Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды и «Знак Почета», медалями.
Умер 22 ноября 1975 года в Киеве, похоронен на Байковом кладбище.
Енциклопедiя Сучасної УкраїниВикипедия (укр.)Юрий Виленский «Трудный выбор в Сталинграде»