Даниил Заболотный по окончании в 1884 году Ришельевской гимназии в Одессе, поступил на естественный факультет Новороссийского университета, где работал под руководством А.О. Ковалевского и Ф.М. Каменского.
По окончании Университета два года работал на Одесской бактериологической станции, основанной И.И. Мечниковым, а затем поступил на медицинский факультет Университета святого Владимира в Киеве, который окончил в 1904.
В 1893 году Д. Заболотный вместе с И. Савченко исследовал проблему иммунизации человека против холеры. Руководствуясь опытами Klemperer’а, молодые исследователи изучали способы иммунизации человека, путем введения реагентов через желудочно-кишечный тракт. Они повторили опыты Klemperer’а над собой и еще двумя другими добровольцами.
Став по назначению военным врачом, работал два года в Киевском военном госпитале и в лаборатории общей патологии профессора В.В. Подвысоцкого.
С 1897 года участвовал в командировках для изучения тропических болезней (чумы и холеры) в Индию, Аравию, Китай, Персию (ныне — Иран).
Работал год в Институте Пастера в Париже.
С 1899 года читал курс бактериологии слушательницам Женского медицинского института и состоял в качестве специалиста-бактериолога в Институте экспериментальной медицины.
Участвовал в ликвидации эпидемии чумы на Дальнем Востоке 1910—1911 годов.
Создал учение о природной очаговости чумы (1922).
В 1898 году организовал в Петербургском женском медицинском институте первую в России кафедру бактериологии (заведовал ею до 1928 года), в 1920 году в Одессе — первую в мире кафедру эпидемиологии.
В 1921 году основал и был первым ректором Одесского медицинского института.
В 1923 году в Военно-медицинской академии основал кафедру микробиологии и эпидемиологии с курсом дезинфекции.
Организовал в 1928 году в Киеве Санитарно-бактериалогический институт (с того же года носящий его имя; в 1939 году преобразованный в Институт микробиологии и вирусологии АН УССР).
Один из основателей Международного общества микробиологов.
Руководил Санитарно-эпидемиологической комиссией Главного военно-санитарного управления Красной Армии, был членом Учёного медицинского совета Наркомздрава, организатором курсов военных и гражданских врачей-эпидемиологов.
Депутат Петроградского и Киевского советов, член ЦИК СССР и Всеукраинского ЦИК.
Автор многочисленных научных работ о чуме, холере, малярии, сифилисе, дифтерии, сыпном тифе и др. заболеваниях.
Умер 15 декабря 1929 года в Киеве.
В 1966 году в Киеве в честь Д.К. Заболотного была названа улица (массив Феофания).
В 1981 году на фасаде здания Института микробиологии и вирусологии АН УССР по улице Академика Заболотного, 26 был открыт памятный знак ученому.
На фасаде здания Президиума НАН Украины по улице Владимирская, 54, и на доме № 28 по улице Большой Житомирской, где в 1928—1929 гг. он жил были установлены мемориальные доски.
Енциклопедiя Сучасної УкраїниВикипедия (укр.)Глеб Голубев «Заболотный» (серия «ЖЗЛ»)