В Красной армии с 1930 года.
В 1935 году Иван Бойко окончил Ульяновскую бронетанковую школу, затем, в 1939 году, бронетанковые курсы.
Участвовал в боях на реке Халхин-Гол в 1939 году.
Во время Великой Отечественной войны с июля 1941 года в действующей армии, заместитель командира разведывательного батальона, в августе — командир 83-го танкового батальона на Центральном фронте и командир 32-го танкового батальона 32-й танковой бригады Западного фронта.
Участник оборонительных сражений в Белоруссии, на смоленском направлении и под Тулой.
В ноябре 1941 года ранен. Лечился в госпитале в Москве.
С феврале 1942 года — заместитель командира батальона прославленной 1-й гвардейской танковой бригады, с марта 1942 года — командир танкового батальона в той же бригаде, воевал летом 1942 года на Воронежском фронте.
С сентября 1942 года — командир 17-го танкового полка 10-й механизированной бригады 3-го механизированного корпуса 1-й гвардейской танковой армии под командованием генерала М.Е. Катукова. Отважно сражался в Курской битве, в августе 1943 года вторично тяжело ранен.
После выздоровления вернулся в строй. 69-й гвардейский (бывший 17-й) танковый полк гвардии майора И.Н. Бойко отличился в ходе Житомирско-Бердичевской операции войск 1-го Украинского фронта. Тогда танкисты 1-й танковой армии за 17 дней продвинулись на 300 километров, освободили свыше 100 населённых пунктов.
28 декабря 1943 года они освободили от гитлеровцев город Казатин Винницкой области, после чего фронт немецкой 4-й танковой армии оказался глубоко рассечённым.
За умелое командование полком, личное мужество в боях за город Казатин, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 10 января 1944 года Бойко Ивану Никифоровичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда» (№ 2072).
С 1 февраля 1944 года и до окончания войны Бойко командует 64-й гвардейской танковой бригадой, воины-танкисты которой в составе войск I Украинского фронта особо отличились в Проскуровско-Черновицкой операции, в ходе которой освободили от гитлеровцев города Новоселица и Черновицы.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 26 апреля 1944 года за успешное командование 64-й гвардейской танковой бригадой и героизм, проявленный при форсировании рек Днестр и Прут и освобождении города Черновцы, гвардии подполковник Бойко Иван Никифорович награждён второй медалью «Золотая Звезда» (№ 2413).
После войны полковник Бойко командовал танковым полком, был заместителем командира корпуса.
В 1948 году он оканчивает Академические курсы при Военной академии бронетанковых и механизированных войск.
С 1956 года в запасе. Жил в Киеве.
Умер 12 мая 1975 года, похоронен на Лукьяновском военном кладбище.
В 1982 году в Киеве в честь дважды Героя Советского Союза Ивана Никифоровича Бойко была названа улица.
Сайт «Герои страны»Википедия