После окончания школы два года работал токарем на киевском заводе «Кинап», затем поступил в Ленинградский университет, на юридический факультет, где вёл активную общественную деятельность.
В 1961 году исключён со второго курса университета, формально за нарушение общественного порядка, фактически за активную студенческую деятельность.
Полгода работал, и в 1962 году поступил в Киевский медицинский институт, который окончил в 1967 году.
В том же 1967 году получил повестку о призыве в армию в качестве военного врача. Он написал письмо на имя Министра обороны СССР A. Гречко по поводу шестидневной войны, в котором также заявил о собственном нежелании служить в армии. Однако был призван в ряды Советской Армии.
В 1968 году перед строем военнослужащих высказал своё отношение к вводу советских войск в Чехословакию. За это месяц находился в особом отделе Киевского военного округа.
В 1969 году был подвергнут офицерскому суду чести и изгнан из армии.
С 1970 года работал участковым врачом, позже врачом-радиологом в Киевском институте эндокринологии.
С начала 1970-х годов присоединился к правозащитной деятельности.
В октябре 1978 года вступил в украинскую Хельсинкскую группу.
Из-за преследований со стороны КГБ (находился в разработке у сотрудника КГБ В. Радченко) в 1980 году был вынужден с семьёй выехать в ФРГ.
В годы эмиграции жил в Мюнхене, работал старшим редактором русской службы радио «Свобода» (Мюнхен), руководителем ряда программ («СССР и национальный вопрос», «После империи», «Барометр»), являлся одним из основных политических обозревателей, в 1980—1992 гг. работал главным редактором журнала «Форум». Возглавил европейское представительством Украинской хельсинкской группы.
В декабре декабря 1992 года вернулся в Киев.
Во время кампании по выборам Президента Украины в 1994 году был руководителем информационно-аналитического центра при штабе Л. Кучмы. После победы Л. Кучмы, в июле — августе 1994 года работал советником Президента по политическим вопросам. Когда генерал КГБ (позже — СБУ) В. Радченко был назначен министром внутренних дел Украины, В. Малинкович ушёл из Администрации президента.
В 1995—1997 гг. — директор Института проблем интеграции при Киевском центре политических исследований и конфликтологии.
В 1997 года — сопредседатель избирательного блока «СЛОН» (Социально-либеральное объединение).
С сентября 1998 года занимает пост директора украинского отделения Международного института гуманитарно-политических исследований.
Владимир Малинкович — автор трёх книг и многих статей.
С 2008 года вновь живет в Германии, в Мюнхене.
Википедия
Политолог Владимир Малинкович: «Под расстрел я не попал. Особисты сказали: «Трибунал — и на Чукотку!»